源代码电影本剧改编自同名漫画，讲述了在某次事故中脑损伤，患有严重后遗症的脑外科医生川内雅，不仅过去两年的记忆完全消失，新的记忆也不能停留一天以上。因此，小雅变得只能做护士的辅助工作，但是在她面前，出现了怪人脑外科医生三瓶友治。通过他不读空气、随心所欲但又带来帮助和引导的言行，小雅在作为患者的同时，再次踏上了作为医生的道路。不久，小雅那消失的两年记忆中所隐藏的谜团被揭开...