非常小特工故事发生在南美洲殖民统治西班牙的时代，在殖民者残暴的统治之下，百姓民不聊生，过着苦不堪言的日子。新总督盖尔在上任的途中遭到暗杀，临死之前，他将自己的任职书交给了他最信赖的朋友唐（亨利·达罗 Henry Darrow 配音），希望他能够代替自己完成遗志。　　一晃眼数月过去，民间开始流传起关于一位蒙面黑衣剑客佐罗的传说，他劫富济贫惩奸除恶，总会在现场留下大大的“Z”，来震慑那些不法之徒。随着时间的推移，大家都开始对这位黑衣男子的真实身份产生了浓烈的好奇心。