圣痕炼金士第一季嬴政は、函谷関攻防戦で自らの才を証明してみせ、まもなく行われる成人の儀式「加冠の儀」において、国内外に向け自らが「第31代秦王」であることを宣言し、国の実権を取り戻すことを誓う。しかし、中華全土を巻き込んだ戦いは、攻め込まれた秦国も、合従軍に参加した国々にも大きな爪痕を残した。　　秦国では、混乱に乗じた内乱を目論む者が現れる。さらには呂不韋が自身の野望達成のための最終段階へと動き出す。　　国家存亡の危機を乗り越えた秦国に、新たな波乱の兆しが見え始めていた――。